Bệnh sùi mào gà có ở bộ phận sinh dục hoặc cũng có thể ở các bộ phận khác của cơ thể. Lúc đầu ở bộ phận sinh dục của đàn ông hoặc đàn bà nổi lên những sùi nhỏ, mềm, cao lên như những nhú gai đường kính từ 1-2mm. Nốt sùi có màu hồng, có nhiều nhánh kèm theo các nhú gai và càng ngày càng lớn dần lên trông giống như mào của con gà. Cục thịt màu hồng này (mào gà) phát triển dần lên, phát triển ra các vùng xung quanh và chúng có thể dài tới vài centimet. Thương tổn chủ yếu là những sùi nhỏ, tròn như những đĩa bẹt, bề mặt xù xì hoặc liên kết với nhau thành một đám nhỏ, mềm. Sùi mào gà có thể lan rộng ra xung quanh trông giống như hoa súp lơ (ở vùng âm đạo của phụ nữ sùi mào gà có màu hơi trắng). Bề mặt của sùi mào gà có thể mềm, mủn ra, ẩm ướt. Sùi mào gà có thể gặp bất kỳ chỗ nào của bộ phận sinh dục nam và nữ. Với đàn ông sùi mào gà thường gặp ở rãnh quy đầu, miệng sáo, phần đầu của niệu đạo trước hoặc có cả ở da bìu. Ở phụ nữ, sùi mào gà thường xuất hiện ở vùng âm vật, âm hộ, môi lớn, môi bé và còn có thể gặp cả ở cổ tử cung. Bệnh có thể biểu hiện cả ở vùng hậu môn (cả trong và ngoài). Trong những điều kiện thuận lợi như ẩm ướt hoặc đang trong thời kỳ mang thai, bệnh sùi mào gà có thể phát triển nhanh hơn, to hơn, có khi to bằng nắm tay, màu đỏ và tiết dịch có mùi hôi. Đặc điểm của bệnh là có cảm giác khó chịu khi đi lại nhất là các trường hợp sùi mào gà phát triển to quá. Khi bị sang chấn hoặc xây xát có thể làm cho sùi mào gà chảy máu. Sùi mào gà cũng có thể bị bội nhiễm các loại vi khuẩn gây bệnh hoặc vi khuẩn gram âm hoặc vi khuẩn gram dương hoặc bị cả hai loại gây sốt, hạch bẹn sưng to, nốt sùi có thể có mủ, nếu lấy mủ xét nghiệm sẽ phát hiện ra loại vi khuẩn nhưng đây là loại vi khuẩn gây bội nhiễm chứ không phải là căn nguyên gây nên bệnh sùi mào gà.